根據(jù)上述職責，平果市審計局設6個內設機構以及1個二層機構。

（一）辦公室（電話、傳真：0776-5886726）

負責局機關日常政務。管理機要、保密、信訪、檔案、政務公開、新聞宣傳、績效考評等事務工作；承擔機關財務、會務、督查、公文審核以及重要文稿、信息簡報的起草等工作。負責干部人事、機構編制、勞動工資、教育培訓和退休人員工作。負責“金審工程”建設、大數(shù)據(jù)審計。負責處理市委審計委員會辦公室日常事務；組織審計業(yè)務電子數(shù)據(jù)的采集、驗收、整理和綜合分析利用。

（二）綜合審理股（電話、傳真：0776-5880083）

承擔與審計有關的地方政府規(guī)范性文件的起草和合法性審核工作。承擔法治政府建設、審計法制宣傳教育、行政復議、行政應訴等工作；負責擬訂中長期審計規(guī)劃和年度審計項目計劃。負責跟蹤管理審計進度、督促審計整改、審計結果公告、審計成果的研究和利用。負責對審計發(fā)現(xiàn)重大違紀違法問題線索的移送協(xié)調。負責監(jiān)督、檢查內部審計業(yè)務質量；指導全市內部審計工作，組織協(xié)調對社會審計機構出具的相關審計報告的核查。

（三）財政企業(yè)審計股（電話：0776- 5886960）

組織審計國家、自治區(qū)、市和縣有關重大政策措施貫徹落實情況，組織審計市本級、各鄉(xiāng)(鎮(zhèn))人民政府預算執(zhí)行情況、決算萆案和其他財政收支；根據(jù)授權，對駐平果市的中直、區(qū)直、市直企業(yè)的資產(chǎn)、負債和損益進行審計，審計國際組織和外國政府援助、貸款項目，組織審計市屬國有企業(yè)和縣人民政府規(guī)定的市級國有資本占控股或主導地位企業(yè)的資產(chǎn)、負債和損益；組織審計有關企業(yè)和金融機構的境外國有資產(chǎn)投資、運營和管理情況；開展相關專項審計調查。

（四）行政事業(yè)審計股（電話：0776-5886617）

組織對市黨政群團機關及其直屬單位年度預算執(zhí)行和其他財務收支情況的審計。組織審計農(nóng)業(yè)農(nóng)村、扶貧開發(fā)以及其他相關公共資金和建設項目，組織審計市人民政府相關部門、市人民政府管理和其他單位受市人民政府及其部門委托管理的社會保障基金、社會捐贈資金。開展相關專項審計調查。

（五）固定資產(chǎn)投資審計股（電話：0776-5886263）

組織審計市人民政府投資和以市人民政府投資為主的建設項目以及其他關系國家利益和公共利益的重大公共工程項目等。開展相關專項審計調查。

（六）經(jīng)濟責任審計股（電話：0776-5886825）

負責全市經(jīng)濟責任審計工作的統(tǒng)籌協(xié)調和指導。負責組織市委管理干部的經(jīng)濟責任審計工作。負責擬訂有關經(jīng)濟責任審計工作規(guī)范；綜合分析領導干部經(jīng)濟責任審計工作情況，匯總起草領導干部經(jīng)濟責任審計綜合審計報告；承擔市本級經(jīng)濟責任審計工作聯(lián)席會議辦公室的日常工作。組織開展領導干部自然資源資產(chǎn)離任審計以及自然資源管理、污染防治和生態(tài)保護與修復情況審計。開展相關專項審計調查。

（七）政府投資審計中心（電話：0776-5886692）

協(xié)助平果市審計局對政府投資和以政府投資為主的建設項目的預算執(zhí)行情況、決算和財政收支，對其他關系國家利益和公共利益的重大公共工程項目的資金管理使用和建設運營情況，進行審計監(jiān)督；協(xié)助平果市審計局對政府投資項目進行效益審計和審計調查；協(xié)助平果市審計局對財政性資金投入大、建設周期長、工程復雜的政府投資項目提前介入，進行全程跟蹤審計監(jiān)督；完成平果市委、市人民政府和平果市審計局交辦的其他任務。