負責機關日常運轉，承擔信息、安全、保密、信訪、政務公開、信息化、督查、新聞宣傳等工作。

2、綜合發(fā)展處 
傳真：021-63751726 郵編：200003 
地址：上海市人民大道200號
承擔建立統一的科技管理平臺有關工作，會同有關方面提出優(yōu)化配置科技資源的政策措施建議。具體承擔部市合作和市級重大科技項目的組織、協調。組織科技獎勵工作。組織協調國際大科學計劃和大科學工程。

3、科普工作處 
傳真：63582686   郵編：200003 
地址：上海市人民大道200號
擬訂科學技術普及工作規(guī)劃、計劃和政策，并組織實施，承擔市級科普項目管理工作，組織大型科普活動，推動科普工作創(chuàng)新發(fā)展。

4、社會發(fā)展科技處 
傳真：63582658   郵編：200003 
地址：上海市人民大道200號
擬訂社會發(fā)展領域科技創(chuàng)新的規(guī)劃和政策，提出重大任務并監(jiān)督實施，推動重大關鍵技術攻關。推動綠色技術創(chuàng)新，承擔科技應對氣候變化有關工作。

5、人才工作處 
傳真：63584447   郵編：200003 
地址：上海市人民大道200號
研究編制本市科技人才發(fā)展規(guī)劃并組織實施。優(yōu)化本市科技人才培養(yǎng)、引進、使用、評價、激勵政策體系。統籌協調、組織實施本市科技人才培養(yǎng)工程和計劃。負責科技人才職稱評審相關工作。承擔市科技系統人才工作領導小組辦公室日常工作。

6、資源保障與管理處 
傳真：63583974   郵編：200003 
地址：上海市人民大道200號
承擔科技工作資金協調、評估、監(jiān)管機制相關工作。承擔本部門預算管理的資金預決算、撥付及使用監(jiān)督管理工作。推動多元化科技投入體系建設。

7、基礎研究處 
傳真：63582628   郵編：200003 
地址：上海市人民大道200號
編制基礎研究發(fā)展規(guī)劃、政策并組織實施，研究提出重大基礎研究和應用基礎研究的重大任務并監(jiān)督實施。參與編制重大科技基礎設施建設規(guī)劃和監(jiān)督實施。承擔管理上海市自然科學基金并組織實施。組織實施科技人才培養(yǎng)計劃。

8、創(chuàng)新服務處 
傳真：63580799   郵編：200003 
地址：上海市人民大道200號
牽頭技術轉移體系建設，擬訂科技成果轉移轉化、促進產學研結合相關政策措施并監(jiān)督實施。指導科技服務業(yè)、技術市場和科技中介組織發(fā)展。承擔推動科技園區(qū)建設、高新技術企業(yè)發(fā)展有關工作。

9、政策法規(guī)與創(chuàng)新體系建設處 
傳真：63582808   郵編：200003 
地址：上海市人民大道200號
擬訂科技體制改革的政策和措施，推進創(chuàng)新體系建設和科技體制改革，會同有關方面健全科技創(chuàng)新激勵機制。優(yōu)化科研體系建設，指導科研機構改革發(fā)展和新型研發(fā)機構建設。

10、研發(fā)基地建設與管理處 
傳真：63582889   郵編：200003 
地址：上海市人民大道200號
承擔推進研發(fā)與轉化功能型平臺建設。承擔對科技研發(fā)基地、研發(fā)公共服務平臺的整體規(guī)劃、建設、評估工作。

11、高新技術處 
傳真：63267474   郵編：200003 
地址：上海市人民大道200號
編制相關領域高新技術發(fā)展的規(guī)劃和政策，組織開展相關領域技術發(fā)展需求分析，提出重大任務并監(jiān)督實施，推動重大關鍵技術攻關。協同推進軍民融合科技創(chuàng)新，承擔推進科技軍民融合發(fā)展相關工作。

12、外國專家服務處（引進國外智力管理處） 
傳真：63587178  郵編：200003 
地址：上海市人民大道200號
擬訂外國專家管理辦法，推動建立外國頂尖科學家、團隊吸引集聚機制和重點外國專家聯系服務機制，承擔重點外國專家服務工作。擬訂引進國外智力規(guī)劃和政策，擬訂出國（境）培訓總體規(guī)劃、政策和年度計劃并監(jiān)督實施，組織實施有關出國（境）培訓項目。
13、戰(zhàn)略規(guī)劃處 
傳真：63586594   郵編：200003 
地址：上海市人民大道200號
擬訂科技創(chuàng)新發(fā)展戰(zhàn)略、規(guī)劃并協調實施，負責重要文件起草。建立并推進重大戰(zhàn)略的決策咨詢機制。承擔組織編制和實施軟科學研究規(guī)劃和計劃。

14、國際合作處（港澳臺辦公室） 
傳真：63584450   郵編：200003 
地址：上海市人民大道200號
承擔科技外事和國際科技合作工作，組織開展科技對外交往、科技人才交流及創(chuàng)新能力開放合作的規(guī)劃、政策和措施并推動落實，實施“一帶一路”科技創(chuàng)新合作行動計劃。會同有關方面具體承擔對在滬外資研發(fā)中心的管理服務。承擔涉港澳臺科技合作與交流工作。
15、生物技術和醫(yī)藥處 
傳真：63584454  郵編：200003 
地址：上海市人民大道200號
承擔生物醫(yī)藥領域科技工作，參與編制生物醫(yī)藥產業(yè)等領域中長期發(fā)展規(guī)劃，擬訂生物醫(yī)藥領域科技攻關項目指南并組織實施、評估、監(jiān)督，承擔推進生物與醫(yī)藥新產品產業(yè)化工作。
16、科技監(jiān)督與誠信建設處 
傳真：63583840  郵編：200003 
地址：上海市人民大道200號
承擔科技監(jiān)督評價體系建設和科技評估管理相關工作，提出科技評價機制改革的政策措施建議并監(jiān)督實施。承擔科研誠信建設工作。