國務院臺灣事務辦公室是根據1988年9月9日第21次常務會議決定成立的國務院辦事機構，是國務院直屬事業(yè)單位，現任主任為張志軍 。
1991年3月國務院機構改革決定，國務院臺灣事務辦公室與中共中央臺灣工作辦公室一個機構兩塊牌子，列入中共中央直屬機構序列。
該辦公室遵循黨中央和國務院制定的方針、政策，負責管理、指導、協調國務院有關部門和省、市、自治區(qū)人民政府在經濟、科技、教育文化等方面涉臺事務；對各部門、各地區(qū)貫徹執(zhí)行中央、國務院方針、政策的情況進行督促檢查，組織制定涉臺事務的有關政策和規(guī)定。
主要職責
1、研究、擬訂對臺工作方針政策：貫徹執(zhí)行黨中央、國務院確定的對臺工作的方針政策。
2、組織、指導、管理、協調國務院各部門和各省、自治區(qū)、直轄市的對臺工作：檢查了解各地區(qū)、各部門貫徹執(zhí)行黨中央、國務院對臺方針政策情況。
3、研究臺灣形勢和兩岸關系發(fā)展動向：協調有關部門研究、草擬涉臺的法律、法規(guī)，統籌協調涉臺法律事務。
4、按照國務院的部署和授權，負責同臺灣當局及其授權社會團體談判及簽署協議文件的有關準備工作。
5、管理協調兩岸通郵、通航、通商事務；負責對臺宣傳、教育工作和有關臺灣工作的新聞發(fā)布；處理涉臺的重大事件。
6、會同有關部門統籌協調和指導對臺經貿工作和兩岸金融、文化、學術、體育、科技、衛(wèi)生等各個領域的交流與合作，以及兩岸人員往來、考察、研討等工作，國際會議的涉臺工作。
7、完成國務院交辦的其他任務。