莒縣審計局主管全縣審計工作，為正科級，縣委審計委員會辦公室設在縣審計局。審計局主要職責： 

（一）主管全縣審計工作。

（二）貫徹執(zhí)行審計法律法規(guī)和方針政策。

（三）向縣委審計委員會提出年度縣級預算執(zhí)行和其他財政支出情況審計報告。

（四）直接審計法律規(guī)定的有關事項，出具審計報告，在法定職權范圍內作出審計決定或者向有關主管機關提出處理處罰的。

（五）按照規(guī)定對縣管領導干部以及依法屬于縣審計局審計監(jiān)督對象的其他單位主要負責人實施經濟責任審計和自然資源資產離任審計。

（六）組織實施對財經法律法規(guī)、規(guī)章、政策和宏觀調控措施執(zhí)行情況、財政預算管理以及國有資產管理使用等與縣級財政收支有關的特定事項的專項審計調查。

（七）依法檢查審計決定執(zhí)行情況，督促整改審計查出的問題。依法辦理被審計單位對審計決定提請行政復議、行政訴訟或者縣政府裁決的有關事項。協助配合有關部門查處相關重大案件。

（八）指導和監(jiān)督內部審計工作，核查社會審計機構對依法屬于審計監(jiān)督對象的單位出具的相關審計報告。

（九）按照有關規(guī)定，管理本系統(tǒng)的審計項目計劃、人事和財務工作，協助有關部門管理本系統(tǒng)的機構編制等工作。負責本系統(tǒng)教育培訓和干部隊伍建設。

（十）指導和推廣信息技術在審計領域的應用。

（十一）完成縣委、縣政府和市審計局交辦的其他任務。 

莒縣審計局設下列內設機構：

辦公室、法規(guī)科、財政金融審計科、經濟責任審計科、農業(yè)農村審計科、固定資產投資審計科6個職能科室，下設一個副科事業(yè)單位縣經濟責任審計中心。